东吴作业区连片开发建设东1#、东2#、4#、5#、6#等5个深水码头泊位。目前建成投产东1#、东2#泊位，最大靠泊20万吨级船，日卸船能力为4万吨以上，主要从事煤炭、矿石等散货装卸、堆存、混配等业务;主要经营港口开发、货物装卸、仓储、中转、物流服务等。东1#、东2#泊位后方陆域面积达93万平米，堆场面积为70万平米，静态堆存420万吨煤炭（铁矿石560万吨）；4#、5#、6#泊位后方形成陆域面积达58万平米，设计堆场面积为27万平米，可一次性堆存170多万吨煤炭（铁矿石210多万吨）。向莆铁路通过疏港铁路东吴支线到达东吴作业区，已形成直通全程国铁的港铁联运。

    秀屿作业区连片经营1#、4#、5#、6#等4个多用途件杂货码头，最大可靠泊5万吨级船舶，年设计吞吐量258万吨，主要从事散货、木材、水泥、钢材、粮食等货物装卸、堆存业务。秀屿作业区拥有华东、华南地区唯一的进口木材检疫除害处理区以及相配套的设施，年处理能力达200万立方，是东南沿海地区进口木材的中转枢纽。

    莆头作业区连片开发建设1#—25#多用途泊位，最大可靠泊7万吨级船舶，由码头作业区、港口支持系统区、港口商务区、物流园区、临港工业区和预留港口工业区组成。一期先行投产1#、2＃泊位，可靠泊7万吨级船舶，配备40万平方的堆场、仓库，主要从事散货、集装箱、木材、浆粕等货物装卸、堆存业务，并通过莆头作业区完善路网与腹地工业企业形成无缝对接。

    外理公司：莆田外轮理货有限公司是经交通部批准由莆田港务集团有限公司和中国外轮理货总公司共同投资组建的股份制企业，主要经营国际、国内航线船舶货物及集装箱的理货、理箱；集装箱装、拆箱；货物计量、丈量；船舶水尺计量；监装、监卸；货损、箱损检验与鉴定；出具理货单证及理货报告；理货信息咨询及易流态固体散装货物取样、监装等相关业务；接受收、发货人特殊委托,开展相关延伸服务。

    船货代：莆田港口船舶货运代理有限公司成立于1999年，系莆田港务集团有限公司下属全资子公司，公司主营为国内外船东、货主提供船舶代理、货物运输代理、船舶物料供应、报关报检业务代理、贸易及仓储代理等综合业务，致力于发挥船货代平台作用，打造物流业品牌，延伸港口物流链业务，为广大客户提供全方位、全过程、低成本的综合服务。